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En 1858, une flèche en plomb remplace le clocher menacé d'effondrement. Elle ressemble à celle de Chartres, bien que de dimension plus modeste.
Les vitraux des verrières du choeur et de l'abside, mis en place entre 1850 et 1870, imitent le style du XIIIème siècle ; ils représentent la Passion du Christ, l'histoire de la Croix et celle de la Cathédrale.
Les grandes orgues, provenant de Saint-Benoît-sur-Loire, sont remaniées par Cavaillé-Coll en 1879.
Enfin des vitraux rappelant la vie de Jeanne d'Arc sont installés dans les verrières des collatéraux en 1893. Le cardinal Touchet fera également aménager la chapelle de Jeanne d'Arc en 1926.